Accessibile da Piazza Galvani, a pochi passi dalla Basilica di San Petronio in Piazza Maggiore, l'edificio storico fu costruito fra il 1562 ed il 1563 per volontà del cardinale Carlo Borromeo e del vicelegato Pier Donato Cesi che affidarono il progetto all'architetto bolognese Antonio Morandi detto Terribilia. L'intenzione era quella di centralizzare le sedi universitarie in un'unica struttura, proprio mentre si concludevano i lavori del Concilio di Trento, e ivi rimase fino al 1803.
Il palazzo si sviluppa su due piani che circoscrivono un cortile centrale a doppio ordine di logge e presenta lungo portico di 30 arcate. Al centro del cortile, proprio di fronte all'entrata, si trova la Cappella di Santa Maria dei Bulgari, che deve il suo nome a una chiesa che sorgeva in "curia Bulgari", cioè presso le case del celebre giurista Bulgaro.
Il primo piano ospita 10 ex aule universitarie che sono diventate gli archivi e le aule studio dell'attuale Biblioteca Comunale dell'Archiginnasio, la più grande della regione. Queste zone sono dedicate agli studiosi e non possono essere coinvolte dalle visite turistiche.
Tra gli ambienti più interessanti da scoprire, si trovano senza dubbio la Sala del Teatro Anatomico, costruita nel 1637 per ospitare le lezioni di anatomia, e la Sala dello Stabat Mater, dove venne suonato per la prima volta l'omonima composizione di Gioacchino Rossini, oltre alla già citata Santa Maria dei Bulgari e alla ricchissima disponibilità di cimeli araldici.
Il Palazzo dell’Archiginnasio è aperto dalle ore 9 alle 19 dal lunedì al venerdì, dalle 9 alle 18 il sabato, resta chiuso la domenica. Per visitare il Teatro anatomico è necessario acquistare un biglietto dal modico costo di 3 euro, che consente di entrare anche nella Sala dello Stabat Mater.
È consigliabile prenotare per le visite nei giorni feriali, mentre è obbligatorio nelle giornate di sabato e nei festivi e per i gruppi turistici, sul sito ticket.midaticket.it/teatroanatomicobologna.